El «veterano» entrenador Jupp Heynckes -que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11- sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club. Sin embargo, pocos días después elimina al Real Madrid en una «agónica» tanda de penaltis -el resultado tras ambos encuentros fue de 2:1 favorable al conjunto que actuaba como local- en la que Philipp Lahm y Toni Kroos fallaron, mientras que Cristiano Ronaldo, Kaká y Sergio Ramos erraron por parte del club español. En la temporada 1996-97 Trapattoni regresó como entrenador volviendo a conquistar el campeonato, pero en la siguiente temporada el Bayern no consiguió el título -el campeón fue el Kaiserlautern-, y Trapattoni tuvo que despedirse. En la temporada 2014-15, el Bayern volvió a proclamarse campeón en la 1. Bundesliga 2014-15 obteniendo así su 25.º título liguero y el tercero consecutivo. En el entretiempo de la ida, el Dinamo ganaba por 3:2 en Múnich, pero el Bayern daría vuelta al marcador para ganar 4:3. Dresde tenía una buena posición de cara al partido de vuelta, sin embargo, el Bayern ya estaba delante del marcador 2:0 tras doce minutos con dos goles de Uli Hoeneß.
Poco después del descanso, Dresde alcanzaría el empate a los 52′ y cuatro minutos después se irían arriba 3:2. Gerd Müller anotaría el empate a los 58′. El Bayern no tendría problemas en llegar a la final tras dejar en el camino al CSKA Sofía en cuartos, y al Újpest Dózsa en semifinales. La década de los años 1980 fue un período de confusión para el Bayern, con muchos cambios de personal y el advenimiento de los problemas financieros. Lothar Matthäus (1984-1988 y 1992-2000, mediocampista y luego defensa), campeón del mundo 1990 y Balón de Oro de ese año, es un jugador emblemático del Bayern de los años 1980 y 1990. Como líder, Matthaus ganó casi todo con el Bayern, excepto la Liga de Campeones de la UEFA -derrota final en 1999 frente al Manchester United-. En el choque de cuartos de final contra el Manchester United, el Bayern logró un resultado similar a sus encuentros contra Fiorentina, empatando 4:4 y progresando para las semifinales de la Liga de Campeones por la misma regla del gol de visitante.
El 9 de marzo, perdieron contra Fiorentina por 3:2, pero avanzaron hacia los cuartos de final por la regla del gol de visitante. En la temporada de 2010-11 fueron eliminados en la ronda de octavos en la Liga de Campeones de la UEFA 2010-11 nuevamente por el Inter de Milán por la citada regla de goles fuera de casa. De esta manera, el conjunto muniqués se clasificaba para jugar la final de la Liga de Campeones 2011-12 que se diputaba su estadio, el Allianz Arena ante el Chelsea. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. Hasta la Segunda Guerra Mundial el estadio era propiedad del 1860 Múnich, y es todavía conocido coloquialmente como «Sechz’ger Stadium». En la semifinal de Liga de Campeones eliminó al Barcelona con un global de 7:0, donde posteriormente, el 25 de mayo, se proclamó campeón de la Liga de Campeones tras derrotar 2:1 al Borussia Dortmund en el estadio de Wembley. El estadio quedó destruido durante la guerra, y los esfuerzos para reconstruirlo no dieron resultado. Durante la primera mitad de la temporada 2008-09 de la Bundesliga, el Bayern tuvo un principio tambaleante, ganando simplemente dos partidos hasta el sexto partido, pero después empezó a estar a la altura de las circunstancias.
Años más tarde Rummenigge y Breitner harían que el Bayern fuese conocido como el «FC Breitnigge». En 1979 asumió Uli Hoeneß el cargo de entrenador a la edad de 27 años y relevó así al consejero de Beckenbauer, Robert Schwan. En 1977 Franz Beckenbauer se fue a América a jugar con el New York Cosmos y en 1979 Sepp Maier y Uli Hoeneß se retiraron, en tanto que Gerd Müller fue fichado por el Fort Lauderdale Strikers de Estados Unidos. Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno. Estos últimos caerían en la final 2:0 con goles de Roth y Müller al 71′ y 81′ respectivamente. El 16 de enero de 2013, se hizo oficial la contratación del español Pep Guardiola para la temporada 2013-14 como nuevo entrenador hasta 2016 -ya que Heynckes había anunciado su retiro al final de esa temporada-.