Hubo participación de la rama sub-23 de Colo-Colo en Tercera División con el nombre de «Colo-Colo Junior» en 1999 y 2000, en donde explotaron jugadores como Sebastián González y Luis Ignacio Quinteros, entre otros. Aun cuando Colo-Colo contó con un segundo equipo desde su fundación, los primeros registros de este en competencias oficiales, independientemente de los campeonatos de reserva, se encuentran en su participación en el campeonato semiprofesional de Serie B en 1937. El plantel se encontraba conformado principalmente por futbolistas de reserva y juveniles que no tenían espacio en el primer equipo.
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