En cuartos de final eliminó a Gimnasia y Esgrima de la Plata de Argentina. En el segundo semestre Colo-Colo participó en la Copa Sudamericana 2006, en donde logró alcanzar la final gracias a la buena actuación de figuras como Sebastián Cejas, Humberto Suazo, camiseta real madrid Alexis Sánchez y Matías Fernández como gran figura. Mas los ya contratados Jorge Valdivia y Humberto Suazo Colo-Colo logró coronarse campeón del Apertura, al ganarle en la final a su archirrival, Universidad de Chile, en definición a penales.
