Sin embargo aparece Roland Endler, un hombre de negocios de la ciudad de Neuss y gran fanático del Bayern, el cual proveyó los fondos necesarios, siendo además recompensado con cuatro años en la presidencia del club. También fue la primera vez que un club de la ciudad de Múnich fue campeón nacional. También es el club de fútbol alemán que ha conquistado más campeonatos internacionales: catorce trofeos. El Bayern era llamado «el club de los judíos» y, como era un club semiprofesional, se vio afectado también por las medidas gubernamentales, por lo que los jugadores de fútbol tuvieron que pasar otra vez a la categoría de aficionados. El duelo entre Bayern y Núremberg es a menudo llamado el «derbi bávaro». Posteriormente vino el duelo alemán ante el Dinamo Dresde. Después de aquello, vino un pequeño periodo de sequía. Como es costumbre, en lo más alto de la espalda, destaca la célebre frase Mia san mia (Nosotros somos nosotros) que identifica a los multicampeones germanos. En la calificación se encontraron con el San Pauli, pero perdió 0:2. Desde ese momento comenzó un largo bajón deportivo en la asociación que incluso culminó con el descenso en la temporada 1954-55. Sin embargo, logran el ascenso al año siguiente.
En 1939 se produce el primer descenso en la historia del club. Este nueva camisetas del Bayern Munich 2018 2019 se ve moderno y respeta la historia y la cultura de nuestro club. Miles de aficionados del Bayern se acercaron al evento -incluyendo cerca de 400 desempleados en bicicleta-. En ella se ha integrado el azul como elemento destacado, símbolo del nexo entre club y aficionados. El nuevo comienzo después de la guerra fue difícil, en junio de 1947 Kurt Landauer regresa del exilio, y unas semanas más tarde fue reelegido como presidente de la asociación. Después de la «Machtergreifung» -toma del poder por parte de los nazis bajo el liderazgo de Adolf Hitler-, el presidente del club Kurt Landauer tuvo que dimitir por la presión política ejercida contra él debido a su ascendencia judía, mientras que el entrenador Richard Kohn «Dombi», -también de origen judío- tuvo que trasladarse a Suiza. En el resurgimiento, el Bayern no quería tomar parte en la copa originalmente. Para el periodista berlinés Florian Haup, entender por qué el pueblo alemán odia al Bayern «daría para hacer un tratado psicológico«. La final del campeonato alemán del sur la perdió contra el Eintracht Fráncfort y fue como segundo mejor a la ronda final del campeonato alemán.
En la segunda ronda pierden por «forfeit» contra el Mannheim. Dicha ronda no se llevó a cabo en el año del final de la Segunda Guerra Mundial. En 1944 logran el campeonato alemán del sur y el club se clasificó para la ronda final en el campeonato alemán. Tras el pitido final el Bayern se llevó por primera vez la histórica Copa Victoria. Los socios del Bayern fanáticos de esta tradicional celebración alemana podrán adquirir la camiseta en una preventa exclusiva a partir de este viernes, la cual durará tan solo dos días. En la liga solo alcanzó el séptimo lugar y hubo una vez más problemas financieros. Con el nuevo entrenador Adolf Patek consiguieron el cuarto lugar en la temporada 1958-59 -el mejor resultado de los últimos diez años-. En la temporada 1962-63 el club participó por primera vez en un torneo internacional de prestigio; la Copa de Ferias.